Die Freie Universität unterhält seit Jahren viele Kooperationen nach Südosteuropa, unter anderem zur Universität Budapest und zur Semmelweis Universität in der ungarischen Metropole. Im Oktober 2003 unterzeichnete FU-Präsident Dieter Lenzen einen Vertrag mit der Universität im kroatischen Split. Über Erasmus-Sokrates-Programme tauscht die FU Studenten und Wissenschaftler mit bulgarischen, ungarischen, rumänischen und slowenischen Hochschulen aus. Der Deutsche Akademische Austauschdienst fördert im Rahmen seines Sonderprogramms „Akademischer Neuaufbau Südosteuropas“ mehrere Projekte der FU zwischen dem Interuniversitären Rechtszentrum in Split und Berlin sowie mit Hochschulen in Makedonien.

An der FU studieren derzeit 354 junge Bulgaren. Sie bilden die größte Gruppe aus der Region. 104 Studenten kommen aus Kroatien, 98 aus Serbien und Montenegro, 36 aus Bosnien, 54 aus Ungarn und 59 aus Rumänien.