Das Institut, das bis 1999 die Bezeichnung "Seminar" führte, besteht seit der Gründung der Freien Universität im Wintersemester 1948/49. Wie viele Studenten und Professoren der Neugründung kam auch der erste Fachvertreter der Klassischen Archäologie, Friedrich-Wilhelm Goethert (1907-1978) von der ehemaligen Berliner Friedrich-Wilhelms-Universität, die nach 1945 Universität Berlin hieß, ehe sie den Namen Humboldt-Universität annahm. Im Jahre 1952 wurde dem Institut die Bibliothek des Archäologischen Seminars (seit 1941 "Winckelmann-Institut") der Friedrich-Wilhelm-Universität zugewiesen, soweit sie während des Zweiten Weltkrieges ausgelagert war und sich nach Kriegsende im Westen Deutschlands befand. Diese Bibliothek wurde in der Folgezeit ausgebaut und weitergeführt; sie entwickelte sich zu einer der besten klassisch-archäologischen Bibliothek in Deutschland.

In den Sechziger Jahren des 20. Jhs. erhielt das Institut eine zweite Professorenstelle. 1986 kam eine Professur für Klassische Archäologie mit dem Schwerpunkt 'Antike Baugeschichte' hinzu (Wolfram Hoepfner). Zur Antikensammlung der Staatlichen Museen Preußischer Kulturbesitz besteht eine besonders enge Verbindung: Der Direktor des Museums (Wolf-Dieter Heilmeyer) besetzt in Personalunion eine der drei planmäßigen Professuren. Der Präsident des Deutschen Archäologischen Instituts (Helmut Kyrieleis) wirkt als Honorarprofessor am Institut. 11 Klassische Archäologen haben sich an der Freien Universität habilitiert (davon 10 seit 1984). Gegenwärtig lehren drei Privatdozenten (Lilian Balensiefen, Gloria Olcese, Andreas Scholl) am Institut. Seit 1980 wurden 33 Promotionen durchgeführt.

Abguss-Sammlung

Seit 1977 wird eine Fotothek aufgebaut. 1980 wurde als Teil des Instituts die Abguss-Sammlung Antiker Plastik eröffnet (Kustos: Klaus Stemmer)