Pine bietet sehr viele Konfigurationsmöglichkeiten. Fast alle davon können über den Menüeintrag ``SETUP'' erreicht werden. Alle Einstellungen werden in einer Konfigurationsdatei gespeichert, die .pinerc heißt und im Homedirectory liegt. Hier können weitere Einstellungen vorgenommen werden. Dies erfordert aber wesentlich weitergehende Kenntnisse, als hier vermittelt werden können.